聖ポーロ会ではパイプオルガンのレッスンを行っています。中高専属のオルガニストの先生をコーチとして、週1回、大学のオルガンをお借りして活動しています。オルガンを使用できる時間が限られているため、現在は高校生のみが参加しています。練習の成果は、学年での礼拝や父母教室で発表しています。
普段触ることのできないパイプオルガンを弾くことができるのは、キリスト教の学校ならではの特色です。